Tato práce začala ihned od počátku r. 1990, zpočátku neorganizovaně, ale v ekumenické spolupráci duchovních v místech, kde jsou věznice. Nyní je na Ústřední správě nápravných zařízení zřízena kancelář pro duchovní službu a poradenství v nápravných zařízeních. Funkco vedoucího kaplana vězeňské správy při Ministerstvu spravedlnosti zastával po dvě desetiletí farář ČCE, Mgr. Bohdan Pivoňka, jehož v roce 2010 vystřídala Květoslava Jakubalová. Duchovenská služba ve věznicích je vedena ekumenicky, duchovní různých církví v okolí věznic mají částečné pracovní úvazky pro pastorační činnost ve věznicích, hrazené MS ČR (celkem je pro tuto službu vyhrazeno již 30 plných systemizovaných míst). Ve věznicích jsou distribuovány církevní časopisy, používá se Ekumenický překlad bible a byl vydán malý Ekumenický zpěvníček duchovních písní pro bohoslužebnou potřebu.